人類和其他哺乳動物一樣,身體被包括細菌、病毒和真菌在內的數萬億微生物占據,這些微生物被統稱為共生菌群。從某種意義上來說,“人”是一個由人體和共生菌群的多元復合體。人體腸道內寄生著大量細菌,這些腸道菌群的失衡,影響著人類肥胖、腸炎、自身免疫疾病、對癌癥治療藥物的反應,甚至影響人類壽命等等。因此,有必要了解人類的腸道細菌以及感染這些細菌的噬菌體在人類健康和疾病中的作用。
世界上相關研究團隊通過挖掘全球范圍內28060個人類腸道宏基因組和2898個培養的人類腸道細菌基因組,建立了一個包含142809種噬菌體的腸道噬菌體數據庫(GPD),其中一半以上是之前從未發現過的新型病毒。這項研究建立了迄今為止最大最全面的人類腸道噬菌體數據庫,為更好地了解病毒在腸道微生物組中的作用鋪平了道路,還有助于發現治療耐藥細菌感染的新方法。
噬菌體(Phage),是感染細菌、古菌等微生物的一類病毒的總稱,噬菌體必須在活菌內寄生,有嚴格的宿主特異性,其取決于噬菌體吸附器官和受體菌表面受體的分子結構和互補性。噬菌體是病毒中最為普遍和分布最廣的群體,在一些充滿細菌群落的地方聚集,如:泥土、動物和人類的腸道中,都有著豐富的噬菌體。
該研究鑒定了一組具有共同祖先的新型病毒,并將其命名為Gubaphage,這是人類腸道中第二大病毒進化枝,僅次于2014年發現的crAssphage。這兩種病毒似乎都感染相似類型的人類腸道細菌,但是這一新發現的Gubaphage的具體功能和作用還需要進一步研究發現。
研究團隊表示,這項研究有著嚴格的質量控制流程,加上運用機器學習方法,因此能夠最大程度減輕污染并獲得高度完整的病毒基因組。這一高質量的病毒基因組為更好地了解病毒在腸道微生物組中的作用鋪平了道路,有助于發現新的治療方法,例如使用噬菌體作為抗菌劑,消滅耐藥性細菌。
總的來說,研究團隊通過挖掘全球范圍內28060個人類腸道宏基因組和2898個培養的人類腸道細菌基因組,建立了一個包含約142809種噬菌體的迄今為止最全面最完整的人類腸道噬菌體數據庫(GPD),其中一半以上是之前從未發現過的新型病毒。
如今,噬菌體研究正在復興,這一高質量、大規模的腸道噬菌體數據庫(GPD)的建立,將為那些研究噬菌體及其在調節腸道細菌和自身健康中作用的研究人員提供豐富的資源。
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